はじめまして！コメントありがとうございます。
私の場合は、サンプルロースターの入り口から５〜１０cmくらいの位置にしている感じです。
あまり奥に差し込んでも、攪拌の羽に当たったり、テストスプーンの出し入れの時に引っかかったりするので、やりながら調整する感じです。

おっしゃる通り、温度計のセンサーをどれくらい中に入れるかで温度表示は変わりますね。
ただ、雰囲気温度しか測れないので、温度計は参考程度にしています。（実際、豆の温度は測れていないですし。。。）

とは言え、温度を確認しながら焙煎を続けたことで、時間の経過に対する温度の上昇具合や、色づきやハゼのタイミングは勉強になる気がしています。